自20世紀20年代起，人們開始利用伊薩爾河的水力發電，其結果不但對當地的動植物、而且也對人有很大的影響。為了保障河道上28座水電站得直水力河水被不斷分開。比如從1923年開始瓦爾興湖幾乎全部被輸到瓦爾興湖發電廠，以至於在水位比較低的時候原來的河床乾枯。從1990年開始水電廠保障原來的河道至少有4立方米/秒的水流。敘爾文施泰因水庫的建造以及從19世紀開始在城市裡對河床的改造也改變了河流原來的性質。敘爾文施泰因水庫建成後其下遊河水沒有再蔓延出堤壩過。
近年來人們開始在一些河段上恢復伊薩爾河原始的狀態。比如在慕尼黑南部約八千米的河段被自然化。河床被放寬、放平。同時原有的堤壩被加高、加寬和加固。
這個措施除改善了抗洪能力外，還提高了這段河道作為修養地區的價值。通過改善沿岸的污水處理廠今天伊薩爾河水達到德國二級水（中等污染）的標準。慕尼黑及其周邊城鎮決定努力將伊薩爾河水改善到可以游泳。通過在污水處理廠裝設紫外線來殺菌水中細菌的數目得以驟減。但由於降雨時陸地上的水大量沖入河中，因此水的質量無法保持恆定。今天慕尼黑河兩岸的感染警告的牌子雖然全部被拆除，但是水的質量依然無法達到一級的水平。
伊薩爾河畔有一系列自然保護區和風景保護區，一些石灘被指定為鳥類保護區。這些保護區是遷徙的水鳥的重要休息地，至今為止在伊薩爾河畔已經記錄到260多種不同的鳥類，其中包括受危害的普通燕鷗和藍點頦。
巴特特爾茨附近的伊薩爾河谷
早在1902年在慕尼黑就已經成立了一個伊薩爾河谷俱樂部，其目的在於保存伊薩爾河的美景。這是慕尼黑第一個公民行動組織。今天這個組織在伊薩爾河畔買下了90多公頃的地，將它們原始化，並且承擔對330千米長的步行路和自行車路的維護。